2011年1月，孙其信受命担任西北农林科技大学校长。6年多时间，他坚持以“中国特色、世界水平”为主线，聚焦保障国家粮食安全、食品安全、生态安全、服务区域发展“四大使命”，着力完善和优化学科生态布局，系统打造升级版人才强校战略、国际化战略、创新驱动发展战略和大学农业科技推广模式，在推动学校核心竞争力和综合实力方面实现了重要突破。
在西北农林科大工作期间，孙其信始终关心学生的成长成才：7个除夕之夜，他都与留校同学一起度过;坚持为8000余名毕业生逐一行拨穗礼;辗转五百多公里，到大山深处为受伤在家的学生举办“一个人的毕业典礼”……这些在师生中传为佳话，也阐释着一名校长的温度和情怀。
作为我国小麦育种领域的知名专家，他科学研究成果丰硕，主持完成的小麦抗病基因发掘与创新研究成果，曾获得国家科技进步二等奖，主讲的《作物育种学》获评国家级精品课程。他的团队成员说，孙其信在西北工作，只要回京，不管多忙总会挤出时间，到远郊的试验田开展科研试验。
“从学生到校长，从普通教师到大学管理者，是中国农业大学培养了我、成就了我。在离开学校6年半以后，我又回到中国农大，倍感使命崇高、责任重大。”孙其信走路大步流星、做事雷厉风行。在任命会上，他却放缓语速，言语郑重：“当前学校正处于改革发展关键时期，党中央、国务院对学校发展给予高度重视，广大师生干部对加快发展、创新发展有着强烈愿望。我将以此为新起点，弘扬和光大学校优良传统，紧紧依靠全校师生，继往开来，追求卓越，加快中国特色、农业特色世界一流大学建设。”