精准扶贫在提高农民农村贫困人口收入的同时，也改变了乡村的治理结构。以前，贫困地区普遍存在着乡村治理问题，上级政府的农村工作没有抓手;村级组织软、散;村民缺少有效的参与机制。精准扶贫在推进贫困村治理的同时，也给农村的社会治理提供了借鉴和思路，使我们可以从贫困地区学习农村治理的经验。
这五年，精准扶贫为形塑新型地方政府提供抓手。曾有一位县委书记说，过去农村工作千头万绪，不知道该如何发力。自从实施精准扶贫以后，知道了农村工作应该从什么地方入手。县乡政府围绕贫困户的稳定脱贫创造性地开展工作，不仅使贫困户受益，而且推动了农村日常工作。比如，发展农村集体经济一直是农村工作中的一个短板，在精准扶贫中，一些地方围绕资产扶贫推动农村集体资产的建设，组建了村民和贫困户共同入股的农村集体企业经营，在稳定增加贫困户收益的同时也壮大了集体经济。老年贫困问题是一个具有共性的问题，通过提高老年农民的医疗和养老金额，建立老年活动中心和推动家庭子女更好地赡养老人，不仅解决了贫困户的养老问题，也同时改善了所有农村老人的福利。
这五年，精准扶贫加强了基层组织建设。许多贫困地区的基层组织比较弱。习近平总书记在深度贫困地区座谈会上指出：“全国12.8万个建档立卡贫困村居住着60%的贫困人口，基础设施和公共服务严重滞后，村两委班子能力普遍不强，四分之三的村无合作经济组织，三分之二的村无集体经济，无人管事、无人干事、无钱办事现象突出。”在实施精准扶贫过程中，基层党建成为扶贫的重要内容之一，通过发展壮大集体经济吸引农村人才;通过驻村帮扶加强基层组织建设;通过增加投入、对口帮扶改善贫困村的基础设施，使贫困村的基层组织得以加强。事实上，如果没有基层组织建设，贫困村可持续的脱贫是不可能实现的，贫困村基层组织建设经验也为所有农村基层组织建设提供了经验。
这五年，群众参与村庄事务治理的积极性得到提高。过去许多农民不知道如何参与村庄公共事务的管理。在开展精准扶贫以后，村民参与、民主决策被制度化。贫困户的识别需要村干部和驻村帮扶干部深入每一个贫困户家庭深入调查，不但要张榜公布，还要经受不同机构的评估和审核，村民的知情权和民主决策权利得以真正实现。扶贫资源的投入也需要公开化和制度化，村民有权利也有机会参与监督。通过精准扶贫的实施，村民参与村庄事务决策和监督的气候已经形成。
在精准扶贫中形成的一些乡村治理理念，如执政为民、低收入农民优先受益、严格的政府监管和公开、民主的乡村治理机制，不仅是精准扶贫的重要保障，也是我国农村治理所应遵循的普遍原则。从这个意义上说，精准扶贫改善了贫困村的治理结构，也为中国农村治理提供了经验。