四大障碍
“中国绿色发展最大的阻力是过去几十年我国工业文明太成功了，导致部分决策者认为，过去在城市规划建设方面所实施的思路是唯一正确的。”仇保兴认为，例如城市的功能分区要越清晣越好，基础设施越大型越好，废弃物处理越集中越好，规划越自上而下越好，公共品越是政府包办越好等等。这些工业文明进程中最成功的东西，也成为了绿色发展最大的障碍。
这位前住建部副部长表示，中国最成功的经验就是工业文明带来福特式大生产模式，这种模式在城市规划建设过程中塑造了四大障碍：用大江大河的治理模式，来治理城市水系和给排水系统;用人工大规模造林的模式，来代替城市园林科学与艺术;用高速公路的交通模式，来规划建设城市交通系统;用大工业流水线的办法，来处理城市的各类废弃物。
在仇保兴看来，这四大传统思路，属于工业文明最成功的东西，某种程度也是反绿色、反生态的，正在无声无息地阻碍着、或扭曲了生态城市的规划思维。因此丢掉过去最成功的东西，才能实践城市绿色转型。
五大模块
仇保兴曾任杭州市市长，他从多年实践认为绿色生态城市必须聚焦生态城市的五大“模块”：绿色交通、绿色社区、绿色能源、绿色给排水、废弃物的绿色循环利用。
废弃物的绿色循环利用，是国际生态城市的共识。处理城市的废弃物不要只想到工程上集中式废弃物处理中心，废弃物绿色处理应该是就近就地回收利用，这体现了就地就近分散的循环原则，如果这样贯彻实施的话，有许许多多的城市灾害就可避免发生了。例如深圳光明新区和天津滨海新区的两件重大恶性事故，如果做到危险品仑库和堆土小型分类分散，就可以把风险降到最低。
“国外著名的城市学家早就说过;真正现代化大规模杀伤性武器，其实就是那些大型、中心式的城市基础设施，越大型、越集中、能量越高就越危险，一旦出问题就会因连锁效应造成极大的灾难。”仇保兴说，现代城市一定要将绿色、生态、弹性这三个概念联系到一起。
在仇看来，许多城市病其实是这五大模块传统设计引发的。如果能把涉及这五大模块的新理念、新技术、新产品、新软件都熟练掌握应用，再加上模块相互之间的协同配合，生态城市就可实现。
四大系统
仇保兴认为，城市中各类小型分布式、去中心化、多样化的模块要通过多种协调方式协同耦合，克服相互冲突和矛盾，产生系统化整体生态效益。生态城市整体协调方面有复杂适应系统，从经济效益方面有碳足迹分析和碳市场系统，从防灾减灾的角度有弹性城市系统，从信息协调处理方面有智慧城市系统。
作为浙江大学公共管理学院的博导，仇保兴近年来致力于城市系统论研究。他认为应该用复杂适应系统(CAS)对生态城市进行分析研究。
“过去系统论勿视了城市最基础、最具能动性的主体——人的适应性和协同，只讲究物的被动协同。”仇保兴说一个城市的产业、空间结构、建筑和基础设施等都是绿色生态的，但是市民的行为是浪费的，城市也不可能实现绿色生态发展。而复杂适应系统(CAS)把人作为主体放进系统研究范畴，确认了人是构成城市最重要的主体，生态城市研究也必须“以人为本”。
对于国际上非常流行“弹性城市”的概念，仇保兴认为只有将城市基础设施小型化、分布式、去中心化和多样化才能实现弹性结构和可持续发展。但更重要的是“城市第一位的是安全”，城市越现代化、结构越紧凑、经济越繁荣，城市自身在灾害面前就越脆弱、越经不起外界的各种干扰……
仇保兴建议必须从主体适应性角度增强城市防御各种“黑天鹅”事件的能力。
“中央提出的绿色发展，确实符合天时、地利、人和。”仇保兴认为，从时代要求来看，目前绿色发展的理论准备、实践准备、案例准备、观念准备、包括国际合作视野准备都是不足的，所以要恶补、紧补。